非汉人，与尔汉人非同宗也非同种，汉人乃是外来者，东番之地非中国所有，鼓噪我汉人离岛，必酿叛乱。故不若于初始便定良策，以强硬推行良策，则二三十年后岛上尽皆汉人，尽以汉人为豪，后来者再不复隐忧。”
魏公公称此策为“改土为汉”，黄承玄见回信后联想湖广各地的改土归流之策，遂未再加反对。
“改土为汉”政策首先推行的地区是靠汉民的亲近土著民地区，这些地区的土著民因为和汉民接触交流，婚姻嫁娶，从而得到了汉人耕种的技术，部落生活为之改观。加之又多在台湾沿海地带，知晓海之对面明朝的强大，又见明军大举登岛，晓得大势所趋，所以基本上都愿意遵照明军吩咐“改土为汉”。
各地明军按照大本营的命令，也迅速在沿海地区建立了“村乡所”的地方政权模式，即各千户所下面不设百户所，而设乡和村。各乡又设乡长和村长负责乡村治理，受命于千户所，千户所又受命于卫。乡、村长人选由原有汉民和亲近土著民的首领出落，明军不干涉。
总体上，这是魏公公军民合一的治理思路，适合眼下台湾的实际情况。将来，这种体系肯定是不合适的，军政还是要分开的，但那至少是五十年后的事了。