生活本该再次恢复平静，然而教皇之子西泽尔·波吉亚，同时也是一名圣殿骑士，他带人攻破了艾吉奥与他叔叔马里奥的庄园，在保护镇民撤退过程中，叔叔马里奥惨死，艾吉奥也只能勉强从中逃出来，逃往罗马。
西泽尔·波吉亚不仅仅觊觎“伊甸园碎片”，同时也谋划着推翻他的父亲来获得权利，是一个为达目的不择手段之人，而想要与这位野心勃勃的西泽尔·波吉亚领导的圣殿骑士对抗，唯一的出路只有重新振兴兄弟会。
而另一边，《刺客信条兄弟会》中，现代篇的线路也有了显著的进展，譬如说他们的藏身之处便是在马里奥遗留下来的庄园中，同时现代篇加入了对主角戴斯蒙的虚拟训练。
而这个时候，现实中的戴斯蒙也已经学会了包括“鹰眼”、“信仰之跃”在内的大部分祖先所拥有的刺客技巧。
虚拟训练可以训练很多原本只能在游戏过程中应用的战斗技巧。
伊琳娜此时显然已经通过了游戏的序章部分，眼前依旧是一片银灰色的记忆区块，她很快便看到，有各种战斗技巧训练的选择项，譬如防反，还有各种武器的使用技巧，袖剑刺杀技巧与连杀技巧。
连杀是新加入的技巧，它要求对任何一个目标都做到绝对的干脆利落，在人群中，所有目标都是流畅无比地一击毙命，任何被招架、被躲避或者偏离要害都会算作连杀失败，因此任何一个细微的细节都必须讲究完美这是对战斗技巧极端的考验。
事实上在原版游戏中，有连杀的存在，艾吉奥一个人无双屠城都不是太过困难，而系统也将此还原了出来，只是与原版的按键就行自然不同，这需要一种极致掌控力，与极为高超的技巧，才能在没有任何武气、灵气之类的加成之下，也能做到如此流畅的战斗。
显然作为一名刺客大师，艾吉奥是能够做到的，至于玩家……
“啊——！”只听到一声尖叫，伊琳娜已经躺在了十余名装备精良的圣殿骑士的围殴里。
经过了《刺客信条1》之后，平时打两三个还行，一下子来十几个，还要一个不漏地全部一击毙命？！
这些训练有素装备精良的骑士可不是傻子！再说大家力量都差不多，谁也不比谁厉害。
就连伊琳娜这样的刺客，看到这种反人类的训练，脸都绿了……
“这是人玩的嘛？！”
“算了算了……”伊琳娜试了几次以后，已经打算先玩游戏过剧情，看看这个兄弟会怎么建立，怎么振兴的，自己
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