二叠纪时期，有一行星撞击到了地球，并从根本上改变了地表环境，但骷髅岛是唯一例外的地方
这使得骷髅岛的生态还保持着原始的样子，岛上怪物众多
而灵长类怪兽金刚则是岛上的神明，他能够与岛上的依维族人建立心灵沟通
根据帝王计划最新资料显示，骷髅岛和地心世界有千丝万缕的关系，因此在骷髅岛的外围形成特殊的磁场，磁场又形成暴风，无时无刻不在包围着这座小岛，使得外界的人很难进去岛内。
不过1973年的时候，帝王组织中一个比尔·兰达的人，组织了一只由科考队员、探险家、战地摄影记者、军人等组织的探险队来到了骷髅岛。
那一次也是骷髅岛第一次正式出现在世人的眼前。
可惜他们的到来惊扰了骷髅岛的守护者——史上最大金刚。
虽然当时的金刚还处于幼年期身高仅有三十多米，但七十年代的武器也没现在先进，加上小金刚动作灵活，熟悉地形，愣是将探险小队的直升机全都打落，逼得探险队的人不得不在这片与世隔绝，危险密布的丛林来了一次野外求生。
期间探险小队遭遇了无数怪异的史前生物，时刻威胁着他们的生命。队员们还遇到了神秘的原始部落依维族人，金刚的身世和其守护岛屿的原因也被逐渐揭，同时他们也发现了岛上更凶狠残暴的怪兽--骷髅爬虫。
在几经生死后，幸存的科考人员终于从骷髅岛逃了出来，掩盖了已经发生的事件，并且加入了帝王组织。
骷髅岛的勘探虽然不成功，但还是将许多信息带回帝王组织研究，其中就包括相当部分的原住民壁画，从那些壁画中帝王组织的科学家们发现，在人类出现之前，地球实际上是由这些泰坦巨兽统治的。其后世界各地的帝王组织监测站被建立。
时间来到1995年，骷髅岛的再次探索行动被批准，当初科考队幸存者孙珊和布鲁克斯的儿子亚伦·布鲁克斯（话说太空甜是不是得罪导演了？不然为什么要给太空甜安排个黑人？）继承了父亲的职业踏上了骷髅岛的土地，他想在那里与依维族人取得联系，以查明金刚的起源。
亚伦等探险小队到达骷髅岛之后发现骷髅岛上的原住民已掌握了英语，可以与外界无障碍交流，并目击了金刚等怪兽。
就在亚伦·布鲁克斯对此次的科考成果满心欢喜的时候，由于猪队友的骚操作，使得他为了弥补错误，被困在骷髅岛十多年，无法与外界联系，只能靠发送漂流瓶碰运气。
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