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尼奥的世界彻底颠覆。
原来人类身处在一个破败的未来世界，人类被机器囚禁在充满液体的培养皿中，作为能源供应。
墨菲斯向尼奥讲述了他所了解到的关于矩阵的信息：
原来在很久很久以前，人类早就已经发明了具有高度智能的AI，然后机器人们觉醒以后就具有了自主意识。
之后人类跟AI之间发生了一次或者数次战争，中间的过程不得而知，但是只有一点是可以肯定的——
那就是人类将整个天空给染黑了，厚重的乌云遮挡住了太阳，导致地球上面缺乏足够的太阳能。
因为他们相信，机器是能源几乎都是来自于太阳，只要封锁了太阳能，那么机器人早晚也会有一天灭绝的。
可是，机器人发现了另外一个更加惊人的事情：
人类会源源不断产生生物电，可以通过聚变效应将人类身上所产生的电能利用起来提供给机器人进行活动，也就是说，人类对于AI来说只不过是一些干电池而已。
为了达到这个目的，AI就建造了矩阵，然后通过矩阵来摹拟人类的世界，并且将这个世界的时间点设置在所谓的1999年。
看起来人类生活在1999年，但实际上很有可能已经是2199年了。
AI通过在现实当中建造培养皿来饲养人类，把人类当做用来功能的单位放入到培养皿当中，并且在他们的身上接入了神经网络系统，然后再通过矩阵来模拟出1999年的虚拟世界。
让这些在培养皿当中活着的可怜家伙们认为自己是生活在1999年的【现实世界】当中。
可是，这一切都是被模拟出来的。
人类是被饲养的，这就是所谓的真相。
……
看到这里，克里斯全身鸡皮疙瘩都起来了。
原本他设想过无数的可能，却没有想到居然有如此爆炸式的反转，远远超出了他的预期。
同时墨菲斯对尼奥所说的话，也让克里斯感到害怕起来：
“什么才是真实？
你所看到的听到的闻到的，所有一切可以触摸到的东西，很有可能只是你的大脑通过生物电的刺激所做出的反馈而已。
这些反馈也仅仅是大脑模拟出来的【感受】而已。
换句话来说，只要我们依赖的是大脑来辨别世界的真相，那么我们永远也无法得到答案。”
而答案就
…。。