海底深处。
新城与崛井所驾驶的海豚202号，在一番潜行后，成功抵达遗迹附近。
只是简单地查看，崛井便判断出，这不是人类所建造的东西。
“那会是谁呢？”新城无奈，“三千万年前那么遥远，谁会在这个地方？”
就在新城和崛井探查的时候，海底突然开始剧烈震动。
伴随着震动，他们所看到的这片遗迹，竟晃动着开始往海面上浮。
海豚202号在暗流涌动的海中颠簸不停。
如墨汁一般的黑色粘液，从超古代遗迹中不断渗出。
浮出海面的黑色液体化作漆黑的雾霭，由太平洋的海面，自水平方向散开，往全世界扩散，速度异乎寻常！
“到底发生了什么啊！！”新城努力尝试着稳定潜艇。
但崛井却注意到，潜艇的前方出现了另外的东西。
“那个大黑影是什么？”
“总部！”
“总部！”
崛井试着联系总部，但不知何时，通讯竟然已经被中断！
不止如此，更多的佐加怪兽，也伴随着黑雾从海底冲出，飞往世界各地，进行破坏！
TPC总部的警报很快响起，卫星系统迅速捕捉到了大量佐加的出现。
大古和丽娜被立即通知，回司令室报道。
刚来到司令室，丽娜便看到大屏幕上，一只佐加飞行在空中的画面。
“怎么可能？”
“它不是被迪迦打死了吗！”
丽娜惊诧地说道。
“这怪兽，并不只有一只，卫星已经检测到有数十只佐加出现，正在飞往世界各地。”居间惠说道。
这番话，让丽娜满脸震惊。
一只佐加就已经如此难对付，几十只佐加……
这难道就是所谓的最终黑暗吗？
而宗方则是在旁边呼叫海豚202号。
“海豚202号！”
“崛井！”
“新城！”
但无论他怎么呼叫，却始终没有回应。
泽井和吉冈也再次来到司令室。
众人望着大屏幕，心中只有一个疑惑，海底，究竟发生了什么？
为什么海豚202号突然失去联系？
为什么会有这么多的佐加，突然出现？
然而这些疑问，并没有人能够回答。
…。。