这里，绫波丽的眼前闪过了一道道身影。
那是她以人类的姿态生活的这几年接触的人类。
Nerv的工作人员，碇源堂、冬月、碇真嗣、明日香、李林等等。
很多人，他们也有着各式各样的面貌和心理。
那么，什么才是真正的人类？
哲学的问题开始诞生，却终究得不到答桉。
绫波丽暂时放弃了思考这个问题，却没有抛弃，只是将其埋入了心中。
时间就这么一天天过去。
在这期间, 之后的使徒也接二连三的袭来。
第十五使徒鸟天使，第十六使徒子宫天使，第十七使徒自由天使。
他们的进攻方式各式各样，有的从外太空对人类直接展开精神呢攻击，有的以光带的姿态侵蚀EVA，也有的以人类的姿态，直接出现在了基地中。
他们，也迎来了各式各样的死亡。
只是自由天使——化名为渚薰，来到了基地中，和碇真嗣结下了友谊，甚至还和李林有过一段对话。
这一切，都被绫波丽默默的看在了眼里。
至此，第三使徒至第十七使徒尽数被消灭。
死海文书中记载的使徒有十八个，除了被人类控制的第一使徒和第二使徒外，剩下的使徒就是李林（LILIN）——人类。
而在这期间里，绫波丽也因为记忆的苏醒，沉睡在她身体中的力量也开始不受控制的增长了。
说起来很可笑，在众多使徒攻击下屹立不倒的Nerv基地，最后真正战胜它的反而是人类自己。
碇源堂偷偷发展自己的计划这一事件早已被SEELE所发现，当所有使徒消灭的那一刻，最后一位使徒人类便展露了獠牙。
面对使徒而建造的第三新东京市，却意外的没有任何对人措施。
曾经防御了诸多使徒攻击的装甲，面对数以万记的N2地雷直接被爆破开来，这是谋划已久的，全球各个地区的超级计算机也在同一时间试图入侵Nerv总部的超级计算机。
内忧外患之下，Nerv根本无法抵抗。
惨绝人寰的大屠杀，在这一刻开启了。
而这一次，奈欧斯却没有出现。
正如他说的那样，人类自己的选择，谁也无法干涉。
只是，这一切也在碇源堂的计划中。
混乱之中，他带着绫波丽来到了Nerv基地的中央教条。
…。。