和巨大生物使徒的战争打响。
人类发射导弹淹没了使徒，城市也连带着被破坏。
然而还没等他们高兴多久，在爆炸火光散尽之后，使徒毫发无损地再度出现。
并且它手中突然延伸出激光长剑，一下子摧毁了眼前的军事战斗机。
主角碇真嗣差点就被波及到了，但或许就是因为主角光环，他没有事，还等到了自己要等待的人。
而使徒和人类的战争还在继续。
但人类这边发现，无论他们发射多少导弹、多少武器，使徒都毫发无伤。
反而他们这边损失惨重。
最后他们也只能动用一种强大的武器——N2炸弹。
然而就连威力最大的N2炸弹，亦只是在短时间内减缓了使徒的步伐。
与此同时，碇真嗣此时却接到阔别十年的父亲的信，被其父碇源堂，也就是那位之前出现过的基地司令呼唤至第三新魔都市地下的 NERV本部。
碇源堂此时也在上层和使徒来袭的压力下，宣布……
“启动初号机吧。”
碇源堂对着士官说道。
“启动初号机？可是没驾驶员啊。”
然而面对质疑，碇源堂还是相当淡定，说道，“没问题，另一个替补人员很快就送到了。”
而他口中的替补人员就是……自己的儿子碇真嗣！
碇真嗣在NERV本部下方见到了所谓的初号机。
“这是由人类制造的终极翻涌人形决战兵器——人造人Evangelion！”
NERV本部技术开发部技术一课首席人员慕律子对着碇真嗣介绍道，“是在极其机密的情况下制造的，它是我们人类最后的……王牌！”
而就在这时，碇源堂终于现身了。
只是他居高临下，不像是父亲，更像是长官一样。
他更是直接下令道，“出击。”
“出击？”
带碇真嗣来NERV本部的葛美里根本不敢相信，反对道，“难道想用初号机吗？”
慕律子却很是淡然，说道，“这没其他选择了。”
然而似乎启动初号机是什么很忌讳的事一样。
葛美里不懂地说道，“等等，丽还不能行动吧。”
然后律子却直接对碇真嗣说道，“碇真嗣，你来驾驶初号机！”
但葛美里还是不同意，毕竟在她口中另外一个原本驾驶初号
…。。