伴随着渚薰被捏死，屏幕上出现这样的字样。
然后出现了碇真嗣那始终无法释怀的模样，他似乎出现了严重的心理问题。
内心不断自责着为何他要杀死渚薰。
面对自己内心的谴责，他只能不断自我劝服——
“我也是被逼无奈啊！”
“因为他是使徒啊！不对！是使徒！是我们的敌人！”
“不是！他不是人类！他不是！”
甚至在幻象中，还出现了绫波丽的幻象，去质问他，渚薰也是人类，而且就算渚薰是使徒，他也要杀了渚薰吗？
在痛苦的幻象中，碇真嗣的精神可以看得出已经几近崩溃。
接着，不仅是他，明日香和绫波丽都出现了这样的精神困境。
然而就在这时，Seele却突然宣称NERV要引发第三次冲击，然后竟然派出军队，进攻NERV总部！
原因竟然是因为……人类补完计划其实是——
“为了让神、人类以及其他生命，通过死合而唯一！”
碇源堂和冬月当时面对Seele却不肯接受这样的事情。
接着，Seele就派出了量产的EVA机体，进攻NERV总部。
就在这时，明日香从精神困境中恢复清醒，再度驾驶二号机前去反击！
NERV总部却直接遭遇到了Seele的轰炸。
那一边，美里却是尽力去开导陷入迷茫和精神困境当中的碇真嗣，并且讲出了一切事情的原因。
“他们想引发第三次冲击，不是靠使徒，而是靠EVA量产机。”
美里将一切实情都说出来，说道，“15年前的第二次冲击也是人类所策划的，但那时是为了在所有使徒苏醒前，通过将亚当还原成卵，将损害减小到最低所采取的手段。”
在画面里一节节属于使徒的脊椎骨像是DNA链条一样交错纵横在一起，出现在美里他们驾驶汽车所穿过的画面中。
但是碇真嗣还是在座位上抱着膝盖，无动于衷。
“真嗣……”
美里却依旧说道，“我们人类其实也跟亚当一样都是被莉莉丝的生命之源所孕育出的第18使徒，其他的使徒还有另外发展的可能，它们舍弃了人类这种形态，所以我们和使徒之间只能彼此排斥。”
人类……也是使徒？
还是第18使徒？
这是观众们此前没想到的，人类怎么可能是
…。。