过尼奥一次（枪杀），它复制了尼奥的一部分管理层的超级代码，所以史密斯有能力躲避系统删除，最后躲到法国人那里，并且和法国人达成交易，还送了一具分身来到现实世界。
现在现实世界的分身被孟东来杀死，孟东来还提前通知了墨菲斯锡安机器人的进攻计划，所以有可能尼奥和史密斯的大战会提前打响。
按照先知的说法，史密斯身上带有尼奥的一部分高级代码，所以史密斯成了一个另一个反面的救世主程序。
目前两者的超能力差不多，都有了超强的学习和复制代码能力。
电影里史密斯把矩阵里的所有人都复制成了自己，眼看矩阵世界就要崩溃。机器大帝都不敢和史密斯正面硬刚，因为有代码被复制的危险。
尼奥最后就是依靠这点和机器大帝达成了协议，他去打败史密斯，机器大帝给予人类和平。
最后机器大帝同意了，亲自送尼奥进入矩阵和史密斯战斗，然后在史密斯复制尼奥的时候，趁势介入，尼奥和史密斯双双泯灭，两人的代码被收回，机器大帝和整个机器世界升级完成。
孟东来不能让这一幕发生，他的任务三是要推翻机器，目前这代机器肯定比升级成功的更好对付。
又过了几个小时，玉牒汇报史密斯分身的程序已经全部梳理完毕，并且它已经升级完成，可以进入矩阵了。
孟东来带好脑机，和克隆人们再次回到矩阵。
刚才战斗的地方，史密斯分身门已经全部离开，孟东来走到大街上，正打算再借一辆车去找先知。
没想到大街上竟然到处都是史密斯。
“这家伙已经开始病毒式传染了。”孟东来意识到剧情被自己打乱了。
“怎么办？”玉牒问道。
孟东来拿出电话拨通了尼奥的联系方式，无人接听。
挂断之后再次联系墨菲斯和崔妮蒂，都没有人接听。
最后他想了想，拨通了法国人的联系方式。
“你不是说要去杀史密斯吗？为什么现在满大街都是他？”
电话一接通，法国人先有些气急败坏的问道。
“我刚刚成功杀了他现实世界的分身，怎么？他在到处找你？”孟东来问道。
“这家伙疯了，他要把毁了整个机器世界。”法国人回道。
看来史密斯确实在找他，不过他这些年躲避机器大帝有经验，所有没有被挖出来。
“告诉我先知的位置，我
…。。