至于一些成了气候的大海盗，就要仰赖大明巡弋四方的朝廷水师了。这些大海盗大多出自东南亚各国之中，不愿臣服大明的余孽。例如盘踞在周边诸岛的陈氏海盗，据传便是安南皇族出身，安南地区被大明收复，这一支陈氏便流落海上，自称是安南陈氏苗裔，收拢不愿降服大明的安南余孽，举旗劫掠汉商，弄得诸多大明商贾苦不堪言。
朱肃率宝船舰队前来，在香料群岛殖民地补给之余，顺手便灭了这一支恶盗。事后便发现这支所谓陈氏海盗，其实是一名大明商贾在背后支持。此人一面拿着朝廷勘合，一面却嫌弃商税繁重，自以为天高皇帝远，于是便让手下诈称陈氏，四下劫掠，做那不用交税的厚利买卖。
此等殖民海外的商贾脱离朝廷掌控，是朱肃所绝对不能容忍的。于是朱肃命人前往该商贾所驻岛屿，取下了此商贾头颅，并其罪名传檄诸岛，警告诸商贾莫因为此地远离大明本土，便心生不该有之贪欲。而后又传书往应天府，着请大哥懿文皇帝朱标，务必要族诛此商贾九族。商税而今已是大明财税之首，商贾决不能脱离朝廷掌控。此事务要从严法办，如此，才能震慑天下诸商，使天下商人都知道，商人不可无德。金钱之上，还有煌煌王法。
而这一道促请懿文皇帝抄斩恶商九族的奏疏，也成为了周王朱肃最后的消息。