卫生状况十分恶劣，李杆子组织了人手进行了彻底的清洁，将积存的垃圾焚烧一空。张宣则派人用船将堡中的伤员运往台北，那里有更好的医治条件。陆战营的水兵接管了台南堡防务后，李杆子带着人到海边痛痛快快洗个了干净。眼下第二分舰队除了小部分战船在澎湖之外，大部分的火炮战船都进驻了台南堡。有这些战船的保护，根本不再怕海匪趁机来袭。
就在台南堡的守军在酣畅洗澡之际，台中的海匪也在集体淋浴——被迫的。一场瓢泊大雨不期之至，将夏大根驻守屯垦点的土墙冲塌了不少。幸得豪雨让道路变得泥泞，也灌满了壕沟，使得海匪无法趁机进攻。屯垦点在大雨之下都如此，防排水更差的海匪营地更糟糕，人员、物资和帐篷都泡在水中。雨水退后，营地内更是一片泥浆，人员几无立锥之地。
在受阻于夏大根的顽强抵抗后，尤永贤也曾试图绕路进攻台中。只不过要在参天的丛林中砍伐出一条通道，实在太难。海匪眼下不仅缺乏工具，更缺乏粮食。砍伐不到一里地，那些海匪便个个精疲力竭，浑身如两只散了架一样，还在流求侦察兵的袭击损失了几十人。怨声载道之下，尤永贤只得放弃。
尤永贤又派了二百人前往台北以探虚实。这股海匪在食人生番和流求侦察兵的沿途截杀下，在损失了一半的人手后，完成了任务。他们带回的消息让尤永贤背脊发凉——台北方向至少有上万装备精良的士兵，正在往台中方向赶来。按照其行军速度来看，十日之内便会赶到台中。
大雨给台中的交战双方都造成了不利影响，但对海匪尤其不利。雨水浸泡使壕沟和土墙垮塌，削弱了屯垦点的防御，泥泞的道路也拖缓台北方向而来的流求大军步伐，但给海匪带来的却是致命一击——粮食全完了。流求气侯炎热，被水泡湿的粮食几在日内便腐烂发臭，甚至有发芽了。
压垮尤永贤的最后一根稻草是蒲师文惨败和澎湖丢失的消息，这意味着粮道断了。短期缺粮还可以苦捱，大不了摘野果吃野菜，但大军长期缺粮便是死路一条。尤永贤手下的海匪本来就是乌合之众，靠着胡萝卜加大棒，才免强将他们压制住。如今陷入绝境，他已无力约束这些刀口舔血的悍匪了。
思索片刻之后，尤永贤便率军投降了。除了极少数海匪不愿意投降逃入丛林之外，台中的六千余名海匪悉数做了俘虏。这些海匪虽然凶悍，却已被战火和炎热折磨得个个精神萎糜，目光涣散。其中还有一千余人是伤病员，如果战事再拖下去，他们必死无疑。眼见胜利无望，投降还能捡回一条小
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