控制和预防了。
欧阳轩和唐顺将传染病防治的重点放在“天花、霍乱、鼠疫”这三种最烈的疫病之上。排在这三种疾病之前的便是疟疾，只不过被欧阳轩用黄花蒿提取的汁液治住了。这三种病专播性极强、死亡率高，常常给一个地区带来灭顶之灾。蒙古人西征带到欧洲“黑死病”，前后几次爆发使几千万人死亡，差点将欧洲文明摧毁，这黑死病便是鼠疫。天花也是如此，人人畏之如虎避之不及，印第安文明便毁于西班牙殖民者带去的天花、流感等疾病。霍乱虽然不如前两种瘟疫凶险，致死率也稍低，但爆发的频次密传播途径也多，其上吐下泻常污染水源。对付传染病最有效方法是预防而不是治疗，实际上这三种传染病并没有特效药。故在防治瘟疫研讨会上欧阳轩提出了三个防治途径：消灭传染源、切断传播途径、对症治疗。
霹雳军在攻打彭山城之时，城中便发生了霍乱。在欧阳轩的命令下，城中居民全被迁到了小山沟进行隔离并进行了对症治疗，又对城内城外进行了彻底的消毒，使得疫病控制在了一定范围，也大大降低了死亡率。在总结此次经验得失的基础上，唐顺便在李爽和鲁德之的大力支持下，大力推动环境整治和个人卫生的宣传，甚至还出台了卫生不达标要被罚做短期苦役的法令，形成了人人讲卫生的氛围。在霹雳军辖区内，蓬头垢面外出或者身上有跳蚤被视为极不体面之事。事实证明这种应对措施对霍乱颇有效果，在霹雳军辖区内虽偶有爆发，但很快便被扑灭。
除此之外，霹雳军还大量养猫。霹雳军粮仓为了防潮主体由木头，其余部分由水泥浆彻，算得上十分牢固，却仍经不过老鼠日复一日的啃咬，养猫能从鼠口中夺回宝贵的粮食。欧阳轩亲自下令养猫是因为老鼠是鼠疫杆菌的宿主，也是移动的专染源。蒙古人活动的草原地带是鼠疫病的高发区，南下的蒙古骑兵也将传染源带到了汉地。更可恶的是蒙军作战也常使用生物战，即将病死者的尸体用投石机抛入敌方的城军，以污染水源和粮食，从而达到不战而胜的目的。事实上，在绵水前线，杨文安部发生瘟疫后，蒙军也曾企图将病死的新附军尸体抛过来，却被霹雳军挫败了。
对付天花病毒，欧阳轩提出的牛痘接种法是最好的预防手段。由于牛痘病毒和天花病毒共有交叉反应抗原，所以可以诱发机体产生自动免疫以预防天花。这项技术是从感染天花的牛身上取出脓汁和痂皮，接种到健康人的身上使之获得免疫力。事实上霹雳军早在去年便研发出了这种技术，余柱带到流求的士兵和技术人员便是第一批接种
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