活运用，自此用兵更是出神入化，每战必先，战无不胜，打得蒙古人叫苦连天，不得不远离大同，数年不敢侵扰。
他最经典的战役，出现在嘉靖三十四年，俺答故伎重演，绕过宣大防线，率骑兵再次闪击至京畿外围的怀柔一带，一时间京城大警，数万援军遥相观望、畏惧不前。危急之下，已经升为参将的马芳慨然出击，率麾下精骑与俺答血战，是役马芳军奋勇跳荡，生猛敢战，直杀得俺答部连退十数里。遭此重击的俺答汗不知明军虚实，以为他们会大局掩杀过来，立刻率军仓皇北撤，一场险些复制‘庚戎之变’的兵祸就此消解。
此役马芳身负刀伤五处，坐骑也被射杀，却仍以命相搏，令嘉靖皇帝十分的感佩，赞道：‘勇不过马芳！’而蒙古人也算彻底记住了马芳的勇猛，送他一个‘马王爷’的尊号。马芳之勇猛，从此一战成名！
在群星黯淡的大明天空，一颗将星冉冉升起——马芳被破格提升为正二品都督佥事，至年末又加封为正一品左都督，以其十多年来一刀一剑杀出来的累累战功，这绝对是不过分的褒奖！
但命运这时和他开了个玩笑，就在马芳踌躇满志，主动出击，频繁派遣精锐骑兵分队，深入草原劫掠蒙古人的马匹、焚烧他们的草场，以最大限度的摧毁其作战资源时，一直支持他的老上司周尚文却因病去世。
如师如父的周尚文去世，对马芳的打击十分沉重，不仅是心灵上的，很现实的问题，他失去了最可靠的靠山。虽然已经是大同总兵，但这个奴隶出身的外来户，本来就在山头林立、盘根错节的大同武将集团之外，又是如此的战功卓著，且对部下要求十分严苛，自然更不招人待见。
结果天随人愿，兵部一纸调令，便将马芳从前线调到后方，担任总理宣大保定练兵事务官……从一镇总兵到四镇总理，看似是升了他的官，可这个总理只管在后方练兵，带兵打仗跟他没关系，这不明摆着把老虎装进笼子里吗？
自此后，马芳便逐渐没了声息。一把宝刀沉寂十年，纵使曾饮血无数，也只能化为人们茶余饭后的谈资，而无人再拔刀问一声，将军，尚能饭否……“马芳当年的骑兵部队，战斗力超过了最精锐的蒙古骑兵，”谭纶告诉张居正：“他深谙蒙古骑兵的厉害，却仍提出了‘以骑制骑’的作战思路。除了训练严格，装备精良之外，他还结合了南宋吴阶的‘叠阵法’，发挥我军在火器上的优势，大规模装配火器。作战中火枪骑兵，骑射兵，刀兵相互配合，反复冲杀，不仅可补骑射之短，射程和威力又远甚于鞑子，
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