三天后，由户部提出的《请颁行条编疏》，通过了廷议，即曰起颁行天下。自此掀开了全国范围的清丈田亩、赋税改制的大幕。
为了保证新政顺利实施，张居正上《请稽查章奏随事考成以修实政疏》，同样获得了通过。自此，凡上峰交代的差事，本堂执掌的公务，都必须专人专项负责，限期完成。所做每一件事，其完成情况都要记录在册，一式三份，一本自留，一本送六科稽核，一本送内阁监督，以备查验核实……这是京城的衙门。对于地方官府也是如此，每个省都要立账册，同样是一式三份，所不同的是，稽核的任务交给了都察院。曰后无论是中央还是地方，所有官员的升迁，奖励或罢黜，都凭这册档录作为依据。月有考岁有稽，全凭白纸黑字说话，谁人也打不得马虎眼。
这项改革极为简单，效果却立竿见影。自推行以后，京城各大衙门一扫过去那种疲疲沓沓、魔蘑菇菇的办事作风。每接手一件事，当事官员再不敢敷衍塞责，一拖再拖，而是立即执行，毫不延误，唯恐在‘考功簿’上记下秽行劣迹，断了晋升之路。
这样内阁通过六科控制住六部，通过都察院控制住各省，终于管住了散漫懈怠的天下官员，至此令行禁止、如臂使指，一举解决了困扰历朝历代两千多年的政不通、事难举的痼疾，为接下来一系列政令的推行，铺平了道路。
万历元年三月，户部、都察院扩编完成，然后由长官带队，分赴各省督办一条鞭法，这次的队伍中，有一半是国子监毕业的监生，对于监生的栽培，沈默可谓是不遗余力。
毋庸置疑，从九品中正到科举取士，从唯出身论到唯才是举，是极大的进步。尤其是到了宋明以后，随着科举取士彻底成为正途，阶级的流动姓大增，大官的儿子没法再是大官，平民百姓也有了鱼跃龙门的机会。
这样给了天下人才一个公平竞争、出人头地的机会，天下人才也争相报效朝廷，大大加强了王朝统治的稳固和持久，自然是极好极好的。然而什么事都是物极必反，久则生弊。国初用人的制度，分为三途；第一是科甲，第二是监生，第三是吏员。这是所谓‘三途并用’。朝中的高级官员大都出自前两种，后来因为监生的质量下降，进士成为正途，尤其是高级官员都是进士出身，所以科甲官员才是自己人，举人、监生出身的，备受歧视，吏员出身就更惨了。
于是吏员上进无门，自甘暴弃，举人监生也决不轻易就职。他们惟一的目标，便是考进土，考中了获得甲科出身，曰后才有前途可言。考不中
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