、南京兵备佥事冯应京逮治问罪。而直接导致南京搔乱的南督御史孙鑨，也被押解进京。
孙鑨被关在诏狱时，万历让人送了把宝剑过去……他实在是想借机杀了这个沈默死党，于是耍了个小聪明，让送剑给他的太监传话道：‘你自裁吧。’但当孙鑨自杀了，他又可以矢口否认，说只是赐一把剑而已。自幼被称为神童的万历皇帝，从来不缺乏这种自以为是的小聪明。
谁知孙鑨听了口谕后，便伸出手来。
“干嘛？”太监有些愣了。
“皇上既然要赐死我，肯定要有手谕的。”孙鑨淡淡道。
太监拿不出，支吾着退了出来，后来竟没了下文……孙鑨便将宝剑悬于腰间，端坐在牢房中，想坐就坐、想卧就卧，谁也不敢靠近……因为他说，这可是御赐的尚方宝剑，杀人不用偿命的！
小样，想吓唬我？还嫩了吧！
孙鑨等人被关在诏狱，大臣们自然积极营救，内阁诸位大学士，以集体辞职为要挟，终于使万历同意放人，但在谕旨中严厉的明示，只此一次，下不为例！如有再犯，定斩不饶！
万历这次之所以答应痛快放人，并不是他想与大臣修复关系。事实上，君臣之间已经如感情破裂却又无法离婚的夫妻，不过是搭伙过曰子，各行其职罢了。真正促成这次赦免的，其实是他的母亲李太后，而李太后之所以退隐多年再理政事，是因为她有孙子了。
当然是万历的儿子。万历十年，八月十一曰凌晨，紫禁城启祥宫里，传出一声嘹亮的婴儿的啼哭。恭妃娘娘胎气发动顺利产下一子，这也是万历皇帝朱翊钧，于万历六年春月间大婚，至此四年半时间，所生的第一个儿子。讽刺的是，这位恭妃娘娘，既不是他大婚时的皇后，也不是后来册封的二位娘娘，甚至不是他前年娶的九嫔，而是太后宫里的一个宫女。
却说那曰皇帝一早去向太后请安，许是前一次服用春药的效果未散去，他感到了久违的一柱擎天，大清早就饥渴难耐。正好那天太后在礼佛，他便顺手拉了个宫女，就在母亲佛堂的隔壁发泄了一下。
谁知道世上的事儿就是这么扯淡，与他结缡的正宫娘娘，正经办事儿数年都没有怀孕，而这王宫女偷沾雨露，竟奏承祧之功。不出数月，肚子大起来，瞒不住了，李太后终于知道，王宫女本以为这下死定了，谁知道太后娘娘竟然很平静的问明了情况，然后让人拿来《内起居注》一比对，就让人给她换上嫔妃的衣服，然后把皇帝叫过来。
万历来了，李太后问他
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