衙门外已经乱作一团，郑成功大军进城，效忠郑芝龙的军队跟他们紧张对峙，战争一触即发，城内百姓都吓尿了，四散奔逃。就连皇宫内的隆武帝也坐不住，跑到宫门附近眺望大街，想弄清楚怎么了。
郑芝龙站在庭院中，早有亲兵给他换上了铠甲。郑芝龙将头盔戴好，忽然背后响起一个声音，“父亲！”
郑芝龙猛然回头，只见郑成功缓缓下跪，磕了一个头道：“这是我最后一次叫你父亲，今生我们再难相见，保重！”郑成功用力抱拳道。
郑芝龙咬了咬牙，头也不回带着一队亲兵出了大门。街面上，大队人马早已准备好，从郑成功进门的那一刻起，郑芝龙就已经决定，今天要走了。只见他翻身上马，最后看了一眼水师衙门，对手下士兵道：“愿意留下的就留下，愿意跟本帅走的，现在出城！”
隆武二年四月，郑芝龙领兵出福京北上，于十几天后跟清军在蒲城汇合，福建领土大部沦陷。