要的一支军事力量，现在毛文龙一死，辽东局势必然发生巨变，一旦战局恶化，谁来承担这个责任？
对于此事，许多人要求崇祯皇帝严厉处置袁崇焕，更提出撤换袁崇焕蓟辽督师职务，押解至京由三法司问罪，明正典刑。
可出于辽东问题的考虑，崇祯皇帝非但没有同意这些观点，反而在朝会上当着所有人的面为袁崇焕开脱起来，声称毛文龙在皮岛历年糜饷，牵制无功，死有余辜，袁崇焕果断处事没有过错，更没有罪过。所以这件事在崇祯皇帝的强压下最终不了了之，袁崇焕也因为所谓的五年平辽之策勉强逃过了一难，没有在毛文龙事件上受到处罚，可此事过后，大明上下对毛文龙之死持反对意见者不少，尤其是武将中不少人更是兔死狐悲，心中惶恐不安。
原本土木堡之变后，因为勋贵集团的凋落导致大明形成了文贵武贱的局面，可就算这样文武之间的裂痕还没达到水火不容的地步。在低级武官群体，面对文官哪怕品级比自己更低的也只能低上一头，可在中高级武官群体中，文官至少还是客客气气的，双方也维护着正常的往来。
可现在倒好，就连毛文龙如此品级的大将都被人用这样的名义砍了脑袋，那么不如毛文龙的其他武将又会怎么想呢？一时间，武将群体人人自危，大家都怕自己成为下一个毛文龙，如果因为这个原因也被砍了脑袋，这就太不值得了。