派出的锦衣卫很快就抵达了西安，在西安见了孙传庭和洪承畴后，传达了朝廷的旨意，让他们移交高迎祥在内的几个义军首领押至京师。
黑水峪一战，高迎祥兵败被俘，之后明军并没有马上撤离，而是继续搜索峪内包括子午谷靠近黑水峪的一段，以不漏一人，务必仔细为上。
这正因为孙传庭的谨慎，高迎祥的一些躲藏起来的部下一个个全被找了出来，其中就包括高迎祥当时让先走的刘哲。
刘哲虽然提前一步离开，可当时孙传庭的部队已经开始发动进攻了，慌乱之下刘哲带着几人躲进了谷中，却没能走远，等到战后孙传庭继续封锁黑水峪进行搜索，刘哲和他的人在谷中东躲西藏了五日，因为所带着粮食全部吃完，无奈之下只能想办法解决补给，派人出去打猎充饥。
谁想刚一现身就被明军给发现了，最终刘哲和他的部下逃脱未果，除三人因反抗被当场格杀外，其余人包括刘哲在内全部被擒，从而落到了孙传庭的手里。
等把刘哲押送到西安，和高迎祥关到一起的时候，见到刘哲的高迎祥彻底绝望，就连刘哲都没逃过此难，其他人就更不用说了，高迎祥这一次是败得彻彻底底，再也不可能有翻身机会了。
在接到锦衣卫的传旨后，早就做好了准备的孙传庭和洪承畴把高迎祥包括刘哲、黄龙等义军首领打入牢车，派一队部下协助锦衣卫押解这些人入京。为了避免路上出现问题，防止这些人逃脱，洪承畴还让特意人直接用铁链串了高迎祥等人的琵琶骨，如此一来高迎祥别说逃了，锁在牢车里连动都动不了，而且从西安至京师这一路很是安全，也不担心会有大股流寇出现，锦衣卫没有片刻耽搁，交接了钦犯后当日就启程，朝着京师而去。
锦衣卫此来不仅是为了押解高迎祥等人入京，还带来了朱慎锥的密信，孙传庭和洪承畴分别看完了信后，两人脸色都露出了如释重负的神色，并多了几分笑容。
密信中主要提到三件事，第一件事就是对高迎祥部俘虏的安置问题，朱慎锥表示这些俘虏直接杀光影响太大，一旦朝中清流因此攻击，朱慎锥倒没什么，但孙传庭和洪承畴就成了众矢之的。
在朱慎锥心中，无论是孙传庭还是洪承畴，都是朝廷的能臣和重臣，他不希望他们在这种事上沾染污点，并受人攻击。所以杀俘此事作罢，但把这些人就地安置也是不妥，一来这些人本都是流寇，野性难改，安置地方是不稳定因素。二来这些人的安置朝廷一时间拿不出这么多钱粮来，何况在钱粮不足的情况
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