初崇祯皇帝派兵围剿流寇所挑选的将领中不少人就出自于辽军，其中就包括曹文诏、曹变蛟、左良玉、黄得功这些人，他们同样出自于孙承宗的部下，孙承宗在这些人面前的一句话可比朱慎锥这个皇帝更管用的多。
如能得到孙承宗的支持，帮他来做这件事等于事半功倍，这也是朱慎锥看重孙承宗的另一个原因。
现在让孙承宗担任教习堂的总师傅，教授太子和宋王学业，目的不光是为了皇室的教育问题，更是想利用孙承宗的威望来解决军队问题。而且朱慎锥对此很有把握，因为他知道孙承宗是一个忠臣，只要对国家有利的事，孙承宗不会拒绝，而现在也不急着一时，这件事可以慢慢来，先让孙承宗在京师住下了，当这个总师傅一段时日即可，等过些日子找个机会再给孙承宗透露些信息，以孙承宗的智慧肯定会明白朱慎锥的用意，到时候自然水到渠成。
除了要解决军队内部军头的问题，还有一个问题也是必须要做的，就是大明目前的卫所问题。
卫所制度是朱元璋当年建立的，朱元璋建立这个制度是为了从军事用兵角度和稳定地方考虑，而且卫所制度在建立初期的确发挥了巨大作用，不仅为大明的对外战争立下功勋，更为稳定大明基业做了诸多贡献。
但一个制度从建立到后续的发展往往都是从好到坏，历朝历代都脱离不了这个问题，朱元璋建立的卫所制度同样也是如此。
其实早在一百多年前，卫所制度就逐步开始腐化了，几代人下来后原本朱元璋设想的卫所制已变了样子，等到现在卫所制虽依旧存在，但完全和当年的制度发生了巨大改变，非但帮不上大明，反而成为了大明内部的隐患。
大明卫所名存实亡，卫所军队早就不堪用，卫所士兵沦为军官们的佃户，被压榨甚至逃跑者不计其数，卫所军官们也全成了大地主和地方勾结，鱼肉乡里。
当年朱慎锥在山西的时候就注意到了这个问题，王荣当卫所指挥使的时候对潞州卫进行了整顿，虽有略微好转，但因为大明制度的原因也只是稍有改善罢了，却无法彻底解决这个问题。
而现在朱慎锥当了皇帝，他当然要整顿卫所，而且在他看来卫所制度已没有任何用处，直接取消反而更好。可朱慎锥自己也清楚，卫所制度延续两百多年，早就根深蒂固，而且卫所遍布整个大明，强行取消卫所制度是完全不可能的，这将直接触及到卫所各层包括地方乃至中央的利益，一旦他这么干了非但起不到效果，反而会导致反对四起天下大乱，朱慎锥不是崇祯
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