随着赫尔曼的命令下达，热兰遮城和安东尼堡在经过短暂的慌乱后做好战争准备，城门紧闭，城中所有人动员，军队严阵以待，准备借助坚固的城池和堡垒同明军抗衡。
此外派出去送信的人也及时离开了，至于能不能抵达巴达维亚，或者巴达维亚那边得知消息后究竟需要多久才能援军赶到，这个赫尔曼就无法保证了。
可作为军人，他已经做了应该做的一切，而且接下来的时候他也没闲着，不仅把最信任的两位军官——菲利普上尉和贝德尔上尉分别安排在热兰遮城和安东尼堡，以确保两城的防御，还亲自坐镇热兰遮城，等待着后续大战的到来。
兵贵神速，作为明军总指挥的施大瑄当然明白这个道理，可是战争进行到这一步，之前的突袭战法已完全没有作用了。
如果说拿下澎湖和台江靠的是大明打了荷兰人一个出其不意，但在拿下台江之后接下来就不可能再有这样的好事了，面对已经得知大明进攻小琉球并且登陆消息的荷兰人已做好了准备，再加上热兰遮城和安东尼堡为依托，荷兰人是绝对不会轻易投降的。
对于这点施大瑄心里非常清楚，所以在登陆之后他并没有忙着马上发起进攻，毕竟军队还需要修整和战前准备。等到翌日，完成了整军的施大瑄这才下达了命令，让施琅继续率领水师控制港口并驻守澎湖，防备荷兰人的援军从海上而来，而陆军方面洪旭和甘辉各领一部，分别进攻热兰遮城和安东尼堡，意图正面击破两城，彻底解决岛上的荷兰人军力。
洪旭负责的是热兰遮城，甘辉进攻安东尼堡，施大瑄坐镇中居中指挥，大战终于爆发。
第一日的战争异常激烈，无论是热兰遮城还是安东尼堡，两城的荷兰人都表现出了顽强抵达的意志，而且借着城墙和工事的优势，利用火器优势和进攻的明军打的有来有回。
虽然明军在人数上占据了绝对优势，可毕竟荷兰人的城池修筑的非常坚固，再加上城池的堡垒结构又有着独到之处，火器也极为先进，依靠正常攻城手段根本不是那么容易拿下的。
在起初的尝试进攻中，明军吃了点亏，见情况不对明军立即调整了战术，利用所携带的火器和荷兰人对轰，同时以兵力优势包围住两城，一方面给城中的荷兰人施加压力，另一方面也是用这方式找寻对方防御的薄弱之处，以点破面，攻进城中。
这样一打就是好几日，双方互有伤亡，可明军却始终没能拿下两城。见战况进展不利，施大瑄考虑后再一次调整战术，让进攻热兰
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