五军都督府：大明的统兵和指挥机构，负责世界范围内的军事管理和作战，是独立于朝廷文官体系之外的武官系统，当然也不能给朝廷得九卿管。
内阁：本职是机要秘书工作，负责皇帝意志和政策的整理和推动与落实，负责朝廷内外上下的联络和协调，负责改革措施的制定和推动，负责审计和统计工作。
内阁是属于皇帝本人的幕僚和内廷官员，地位以后会提升到九卿和尚书之间的地位。
军机处：军事参谋机构，负责战略战术的研究，负责作战计划的制定。
通政司：负责各类文件的上传、下达、回收，各种公文、通知、规定的下发和确认。
宗人府：管理宗室事务的官方机构，内部职务全部由宗室成员担任。
宗人府内设宗人院，成员为所有通过了储位教育，完成施政实训的近支宗室成员。
宗人院成员无权直接担任朝廷正式职位，但有权对朝廷部门的政策和决定提出质疑，对应的部门必须做出合理的解释。
大明皇家银行：大明的中央银行，负责货币制度的制定和货币发行，金融制度的制定和执行，民间钱庄和银行的登记和管理。
皇室财团：皇室所有的大型工商业集团，其本身的规模相较于朝廷也不能算小了，是皇帝制衡文官系统的重要依仗。
皇庄：皇室所有的海外土地，最重要的就是新天府，是一个高度独立的体系，也是皇帝制衡文官系统的重要依仗。
东厂：负责对内的特殊安全和情报信息工作。
西厂：负责对外的情报信息工作。