置上呆着，倒不如急流勇退离开这个政治旋涡，以自己的身份和地位，只要主动退出去，天启皇帝是不会拿自己怎么样的，至于魏忠贤就更不用担心了，只要天启皇帝不发话，魏忠贤这条狗就不会随便乱咬人。
但没想求辞后，天启皇帝迟迟不给予回复，这让叶向高坐立不安。接下来接连又发生了几件事，先是工部郎中万燝弹劾魏忠贤被仗刑而死，接着御史林汝翥也因为得罪了魏忠贤被仗刑，他的运气好些没给打死，可也吓了个半死，为了保命直接从京师逃到了遵化巡抚衙门躲了起来。
林汝翥是叶向高的外甥，找不到林汝翥，魏忠贤的党羽直接上门让叶向高交人，使得叶向高焦头烂额。见情况不妙，再不走自己老命恐怕不保，叶向高继续请辞，一连上了二十道请辞折子，天启皇帝这才看在他老臣的份上同意了让叶向高致仕。
就此，双方暗中达成默契，叶向高以彻底退出政治舞台让出首辅之位，再不掺和东林党的事后天启皇帝和魏忠贤高抬贵手放了他一码，并且加封叶向高为太傅，派锦衣卫护送他离京返乡。
叶向高去职，东林党受到了重重一击，没了叶向高这个中流砥柱，东林党在朝堂的实力大损，接替叶向高的韩爌干了没多久就被朱国桢取代，朱国桢当了仅仅一个月的首辅又被魏忠贤的人弹劾去职，随后首辅的位置就落到了阉党一系的顾秉谦头上。